Группа была образована в 1989 году в городе Форт-Лодердейл, штат Флорида, под названием Marilyn Manson and The Spooky Kids. С тех пор состав коллектива неоднократно менялся. Участники, внесшие наиболее значительный вклад в творчество группы и/или пребывавшие в ней длительное время: Дэйзи Берковитц (Скотт Путески), Твигги Рамирез (Джорди Уайт), Джон 5 (Джон Лоури), Тим Сколд, Джинджер Фиш (Кенни Уилсон), Мадонна Уэйн Гейси (Пого) (Стефен Грегори Биер-мл.).

Названием группы стал псевдоним ее вокалиста и бессменного лидера — Мэрилина Мэнсона (Брайан Уорнер). Псевдоним был составлен Уорнером из имени знаменитой американской киноактрисы Мэрилин Монро и фамилии не менее известного маньяка-убийцы Чарльза Мэнсона. Столь необычное соединение, по мысли Уорнера, обладало целым рядом значений, начиная от принципиального утверждения о неизбежности наличия в человеке двух начал (добра и зла) до протеста против того, что «Америка помещает убийц на обложку журнала „Таймс“, делая их столь же знаменитыми, как наших любимых кинозвёзд» (эссе «Колумбина: Чья это вина?»). Все остальные участники группы взяли аналогичные псевдонимы из женских имен и фамилий известных убийц.

Имидж и музыкальный стиль группы меняется от альбома к альбому почти до неузнаваемости, что дает повод причислять ее и к индастриал, и к глэм-року, и к готик-року и даже к нью метал. Несмотря на то, что отдельные элементы перечисленных стилей присутствуют в музыке Marilyn Manson, полностью творчество группы не укладывается ни в одну из заявленных категорий.

В прокладывании пути группе очень помог Трент Резнор (со своим лейблом «Nothing Records») — бессменный участник группы NIN. Наибольший вклад его деятельности в альбомах «Portrait of an American Family» и «Antichrist Superstar», где он выступил продюсером.