Родился 6 сентября 1943 года, был вторым сыном в семье. Отец (Eric Fletcher Waters) и мать, учителя, были коммунистами (в дальнейшем сам Уотерс стал активистом движения за ядерное разоружение). Отец сражался во Второй мировой, в звании офицера погиб в сражении под Анцио и Уотерс часто возвращался к теме гибели отца в своём творчестве, особенно в альбомах The Wall и The Final Cut (в то же время отрицая всякую связь между его реальной матерью и её образом в The Wall).
Уотерс вырос в Кембридже и учился в одной школе с Сидом Барреттом и Дэвидом Гилмором, которые позже вошли в состав Pink Floyd. С детства любит спорт, особенно плавание, болеет за футбольную команду "Арсенал" (Лондон)
В 1965 Роджер Уотерс с Сидом Барреттом в роли автора песен, основного вокалиста и гитариста, Ричардом Райтом на клавишах и Ником Мейсоном на ударных — основал Pink Floyd (первоначальным названием группы было Screaming Abdabs.
В 1968 проблемы с психическим здоровьем Сида Барретта привели к тому, что он вынужден был покинуть группу, на его место был приглашен Дэвид Гилмор, также гитарист, вокалист и автор песен. В таком составе они привели группу к ошеломляющему успеху, выпустив серию альбомов, рекорды продаж которых не побиты и на сегодняшний день.
Но к концу 1970-х отношения Уотерса и Гилмора ухудшились, в то время как Уотерс приобретал всё большее и большее влияние на группу, особенно при создании The Wall. В 1983 году The Final Cut — последний альбом, выпущенный при совместном участии Уотерса и Гилмора — был указан как альбом Роджера Уотерса, «сыгранный Pink Floyd».
В 1985 Уотерс объявил о распаде группы. Противостояние Гилмора с Уотерсом об использовании имени «Pink Floyd» перешло в судебный процесс. Уотерс использовал в качестве аргумента тот факт, что первоначально группа состояла из него, Сида Барретта, Ника Мейсона и Ричарда Райта, и без основателей она уже не может так себя называть. Также, по его словам, он написал почти все тексты группы после ухода Баррета. Но в итоге права на использование названия «Pink Floyd» и большинства песен перешли к Гилмору, Мейсону и Райту, которые возобновили под этим именем концертную деятельность и запись новых альбомов. Уотерс же получил права на альбом The Wall и все его песни, а также на знаменитую свинью Pink Floyd. Конфликт принимал карикатурные формы. Во время гастролей 1989 года музыканты выходили на сцену в майках с надписью «А кто такой этот хренов Уотерс?» (англ. And who is the fucking Waters?).
После Pink Floyd Уотерс начал сольную карьеру, выпустив три концептуальных альбома и саундтрек к фильму, которые, впрочем, продавались не очень успешно.
После падения Берлинской стены в 1989 Уотерс собрал гигантский благотворительный концерт The Wall в Берлине 21 июля 1990, чтобы отметить конец разделения между Восточной и Западной Германией.
После долгого перерыва он опять начал гастролировать в конце 1990-х, играя на живых концертах свои известные работы в составе Pink Floyd и сольный материал.
В 2002 Уотерс сыграл на концерте, организованном Countryside Alliance в поддержку охоты на лис, хотя Уотерс никогда раньше не поддерживал Тори, даже открыто критиковал Фолклендскую войну в The Final Cut.
Компания Miramax объявила в середине 2004 о работе над мюзиклом The Wall на Бродвее, в которой Уотерс принимает непосредственное участие. Известно, что в него войдут не только песни с альбома The Wall, но также из The Dark Side of the Moon, Wish You Were Here с других альбомов, включая новый материал.
В сентябре 2004 Уотерс выпустил в интернете два новых трека, «To Kill The Child» и «Leaving Beirut». Оба посвящены вторжению Штатов и Соединённого Королевства в Ирак в 2003. Текст песен весьма ясно излагает точку зрения автора: «О Джордж! О Джордж! Техасское образование, должно быть, тебя вы*бало, когда ты был очень маленьким» (англ. «Oh George! Oh George! That Texas education must have fucked you up when you were very small») (из «Leaving Beirut»).
После цунами в конце декабря 2004 года Уотерс сыграл «Wish You Were Here» с Эриком Клэптоном на концерте NBC.
2 июля 2005 года Уотерс присоединился к Pink Floyd на концерте Live 8. Они вместе сыграли 20-минутный сет из 4 песен: «Breathe», «Money», «Wish You Were Here» и «Comfortably Numb». Перед «Wish You Were Here» Уотерс сказал:
Я очень волнуюсь от того, что стою здесь с теми же тремя людьми столько лет спустя. Со всеми вами... Мы посвящаем наше выступление всем, кого здесь нет, но в первую очередь — Сиду.
Впрочем, вскоре после Live 8 Уотерс заявил Ассошиэйтед Пресс, что, хоть играть с Pink Floyd ему очень понравилось, шансы на полноценное воссоединение группы весьма призрачны, учитывая его идеологические и музыкальные разногласия с Гилмором. После смерти Рика Райта в 2008 году эта призрачная возможность была окончательно утрачена.
После альбома Amused to Death в 1992 году Уотерс на протяжении пятнадцати лет работал над созданием оперы Ça Ira. В феврале 2005 года на его сайте появилось объявление о том, что работа закончена и опера будет выпущена на CD и DVD в сентябре 2005 года. Двойной альбом в формате SACD (Super Audio CD) и DVD, содержащий фильм Эдриена Мэйбена (создателя фильма Live at Pompeii) о создании оперы, поступили в продажу 27 сентября 2005 года.
С 2002 года Роджер Уотерс работает над двумя новыми сольным проектами: альбомом с рабочим названием Heartland (со слов Джима Лэдда, с которым он работал над Radio K.A.O.S.) и сиквелом альбома Amused to Death. Предполагавшаяся и давно минувшая дата выпуска обоих альбомов — 2006 год. Две возможных песни из нового альбома появлялись на In The Flesh Live («Each Small Candle») и в компиляции The Flickering Flame: The Solo Years Vol. 1 («Flickering Flame»).
В конце ноября 2006 года в Нью Йорке Роджер Уотерс записал песню «Привет (Я люблю тебя)» («Hello (I Love You)») вместе с всемирно известным композитором Говардом Шором (англ. Howard Shore) для фильма «The Last Mimzy». Композитор Говард Шор прославился своей партитурой к «Lord of the Rings», музыка которого принесла ему три Academy Awards.
В записи приняли участие:
• Бас гитара, вокал — Roger Waters
• Гитара — Gerry Leonard (music director/guitarist for David Bowie)
• Ударные — Steve Gadd (Eric Clapton, Paul Simon, Steely Dan)
• Продюсер — James Guthrie («The Wall»)
«Это было прекрасное сотрудничество с Бобом Шайе и Говардом Шором в фильме "Последний Мюмзик"» говорит Уотерс. «Я думаю у нас получилась песня, которая охватывает темы фильма, столкновение между лучшими и наихудшими инстинктами человечества, песня о том, как детская чистота может одержать победу.»
Боб Шайе добавляет, «Это — честь, что такой огромный талант, как Роджер Уотерс написал песню для "Последнего Мюмзика"».
Теплая, среднего темпа песня, вдохновленная темой фильма деликатного баланса между экологией и технологией, «Привет (Я люблю тебя)» («Hello (I Love You)») будет представлена в фильме и звучать в конце фильма. Песня будет доступна на официальном CD музыки из кинофильма «Последнего Мюмзик» («The Last Mimzy»), который вышел в прокат 27 марта 2007 года.
26 марта 2007 года на лейбле Silva Screen Records вышел новый интернет-сингл Роджера Уотерса «Привет (Я люблю тебя)» («Hello (I Love You)») (SILCD9995), который содержит полную и радио версии песни.
В марте 2007 года, Роджер Уотерс в интервью журналу Rolling Stone сказал, что он выступит на «событии века» — концерте Live Earth на его американской сцене. Он также добавил, что остальные флойды не примут участие в событии.
10 мая 2007 года в лондонском зале Barbican Centre состоялся концерт памяти Сида Барретта «Syd Barrett — Madcap’s Last Laugh», организованный Джо Бойдом (англ. Joe Boyd) и другом Гилмора Ником Лейрд-Клаузом (англ. Nick Laird-Clowes). В концерте среди прочих приняла участие вся четверка Pink Floyd: трио Гилмор, Мэйсон, Райт и Роджер Уотерс соло, что ещё раз подтвердило факт о невозможности воссоединения Pink Floyd. 6 июня 2008 года состоялся концерт в поддержку Международного экономического форума в Санкт-Петербурге.
Роджер Уотерс стал представителем Обещания Тысячелетия (Millennium Promise), благотворительной организации, которая помогает в борьбе с чрезвычайной бедностью и малярией.