«Atlantis» — приключенческая игра-головоломка от первого лица, сделанная в трёхмерной графике. HUD в игре — это «окно» в мир игры, движение компьютерной мыши перемещает камеру. Для взаимодействия с миром Atlantis игрок должен переместить камеру так, чтобы нужный предмет или персонаж оказался в центре экрана. Некоторые критики посчитали такую систему неудобной[1], так как в центре экрана нет прицела, то есть игроку придётся угадывать, как нужно переместить камеру. В последующих игра серии — Beyond Atlantis и Beyond Atlantis II — был добавлен прицел.

Прохождение игры подразумевает решение головоломок различной степени сложности, причём решение некоторых загадок может оказаться совершенно нетривиальным, а решение других — наоборот, слишком простым. Другая отличительная черта Atlantis — наличие моментов, в которые игроку требуется быстро реагировать на события в игре, например побег от охранников. В подобных моментах зачастую есть лишь один верный путь, а выбор других приведёт к смерти главного героя.

В игре используется множество проприетарных технологий, разработанных компанией Cryo Interactive. Одна из них — OMNI 3D, с помощью которой реализован плавный, панорамный обзор от первого лица. Однако обзор в игре выглядит не настолько чётко, как заранее отрендеренные ролики движения в игре. Анимация персонажей сделана при помощи захвата движения, а также была задействована технология OMNI SYNC для правильной синхронизации движения губ и воспроизведения речи.