В оценке исторической и фактологической достоверности картины мнения расходятся. По мнению Ксении Рождественской, «Аменабар постарался снять кино так, что с исторической точки зрения к „Агоре“ не подкопаешься, и даже историки признают, что Александрия IV века воссоздана насколько возможно аккуратно», хотя и критикует резкое несоответствие возраста главной героини, которой по факту должно быть около 50 лет. Сергей Сычёв считает, что «историческая эпоха воссоздана Аменабаром с пугающей точностью». Семён Кваша, напротив, указывает, что не сохранилось ни одной письменной работы Гипатии и недоумевает по поводу того, что Гипатия, по версии Аменабара, «придумала закон всемирного тяготения до Ньютона и предположила эллиптичность орбит планет до Кеплера».

Писатель Faith L. Justice, автор двух исторических исследований, посвящённых Гипатии (Selene of Alexandria и Hypatia: Her Life and Times), выполнила критический обзор фильма. По её мнению, фильм наряду с исторически корректными деталями содержит множество грубых ошибок и неточностей, начиная с того, что нет никаких исторических свидетельств о том, что Гипатия и Теон имели какое-либо отношение к Серапеуму. Также писатель указывает на то, что нет исторических свидетельств о том, что в Серапеуме уничтожались книги. Исследователь считает, что согласно имеющимся данным, Гипатия приняла смерть не вследствие того, что она была язычницей, или учёным, или женщиной, а вследствие вовлечённости в политику. Кроме того, Аменабар рисует Гипатию атеисткой, тогда как она исповедовала религиозную философию, в особенности неоплатонизм, и была глубоко религиозной женщиной.

Оценки со стороны христиан

С критикой фильма выступил ряд православных СМИ. Георгий Захаров, церковный историк, преподаватель исторического факультета Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета, отметил, что разрушение Серапеума в 391 году и убийство толпой христиан женщины-философа Гипатии в 415 году действительно имели место, но их отображение и интерпретация в фильме крайне тенденциозны. Например, не только христианские историки, но и крайне антихристиански настроенный язычник Евнапий, рассказывая о разрушении храма Сераписа, ни словом не упоминают о том, что были уничтожены какие-либо книги. По словам Георгия Захарова, не подтверждаются источниками обвинения Кирилла Александрийского в подстрекательстве к убийству Гипатии. Православный журналист Владимир Григорян также считает, что картина Аменабара не чужда фальсификации истории в антихристианских целях. Так, по мнению Григоряна, ко времени правления Патриарха Феофила в храме Сераписа ни библиотеки, ни научного центра не было, поскольку ещё в 273 году Александрийская библиотека был сожжена императором Аврелианом. Григорян напомнил, что в «Житии святого Кирилла мы не находим ни малейшей неприязни к Гипатии, а о её убийстве говорится как об ужасном злодеянии».

Роберт Барон (англ.)русск., американский католический священник, в своей статье о фильме отметил: «Гипатия действительно была философом и, она действительно была убита толпой в 415 году, однако практически всё остальное в этой истории, которую Гиббон, Саган и Аменобар нам рассказывают, — ложь».

Гойя, 2010 год
Победитель (7):
Лучший оригинальный сценарий
Лучшая работа оператора
Лучшая работа художника по костюмам
Лучшие спецэффекты
Лучшая работа художника-постановщика
Лучшее руководство производством
Лучший грим/причёски
Номинации (6):
Лучший фильм
Лучшая женская роль (Рейчел Вайс)
Лучший режиссер (Алехандро Аменабар)
Лучший звук
Лучший монтаж
Лучший оригинальный саундтрек