Родился 3 апреля 1920 в Москве. Еще накануне его появления на свет отец, Кирилл Александрович, был расстрелян как участник

белогвардейского восстания в Курской губернии. Он успел «завещать» беременную жену Ксению Алексеевну другу Марку Левенталю,

который усыновил Юрия. Лишь в зрелые годы тот узнал, кто его настоящий отец. Марк Левенталь вскоре был тоже репрессирован

(сослан). Вторым отчимом стал Яков Рыкачев, оказавшийся первым литературным учителем, сумевшим пробудить вкус к словесному

творчеству.
В 1938 Нагибин окончил школу с отличием и поступил в Московский медицинский институт. Интереса к врачебному делу у него не

возникает, и он переходит учиться на сценарный факультет ВГИКа. Окончить институт не удалось. В начале войны институт

эвакуировали в Алма-Ату, а Нагибин был призван в армию и осенью 1941 отправлен на Волховский фронт в отдел политуправления.

Незадолго до войны успел опубликовать в журнале свои первые рассказы «Двойная ошибка» (1940) и «Кнут» (1941).
В 1942 Нагибин — в должности «инструктора-литератора» на Воронежском фронте. В том же году вступил в Союз писателей СССР. В

его фронтовые обязанности входит разбор вражеских документов, выпуск пропагандистских листовок, ведение радиопередач. На

фронте был дважды контужен, по выздоровлению комиссован по состоянию здоровья. Работал военным корреспондентом газеты «Труд».

Фронтовой опыт воплощен в рассказах, собранных в сборники «Человек с фронта» (1943), «Большое сердце», «Две силы» (оба

−1944), «Зерно жизни» (1948).
В конце 1940-х — начале 1950-х подружился с Андреем Платоновым (1899—1951).
Авторская известность приходит к Нагибину в начале 1950-х. Рассказы «Трубка», (1952). «Зимний дуб» и «Комаров» (1953),

«Четунов» (1954), «Ночной гость» (1955) оказались «добро замеченными читателями». Рассказы Хазарский орнамент и Свет в окне,

опубликованные в рожденном «оттепелью» альманахе «Литературная Москва» (1956), вызвали гневный окрик в партийной печати

(наряду с Рычагами Александра Яшина). Однако буквально год спустя в «Библиотечке „Огонька“» появились рассказы,

препарированные по законам соцреализма, и Нагибина «реабилитировали». Как отмечает Юрий Кувалдин, «ему постоянно приходилось

балансировать на грани диссидентства и правоверности».

Большинство рассказов Нагибина, объединенные общей темой, «сквозными» героями и образом повествующего, складываются в циклы —

военный, «охотничий», историко-биографический, цикл путевых рассказов. Долгие годы автор рассматривался преимущественно как

новеллист, стремящийся «сказать в малом о большом».
«Охотничьи» рассказы подготовили почву для деревенской темы. В дело пошли материалы и наблюдения послевоенных журналистских

лет, когда писались очерки о колхозной жизни для «Правды», «Труда», «Социалистического земледелия», «Смены». В итоге родилась

повесть «Страницы жизни Трубникова» (1962), ставшая исторически самым «звездным» часом Нагибина. Именно эта повесть послужила

сценарной основой для поставленного режиссером Алексеем Салтыковым фильма «Председатель» (1964). Этот фильм стал событием,

вызвавшим прорыв в общественном сознании тех лет.
Нагибин продолжал писать доходные в то время сценарии. По его сценарной обработке повести Владимира Арсеньева, в частности,

японский режиссер Акира Куросава снял фильм Дерсу Узала, отмеченный «Оскаром» (за режиссуру). Всего в его сценарном активе

более 30 фильмов — «Бабье царство», «Девочка и эхо», «Самый медленный поезд», «Чайковский», «Красная палатка», «Загадка

Кальмана», знаменитая трилогия о гардемаринах и др.
В 1970-е его привлекает тема творчества как такового на современном и историко-культурном материале в цикле Вечные спутники

(1972—1979). «Героями» таких художественных «микроэпопей» стали протопоп Аввакум, Пушкин, Лермонтов, Тютчев, Чайковский,

Рахманинов, И. Анненский и другие великие личности.

Умер Ю. Нагибин в Москве 17 июня 1994.