«Хороший, плохой, злой» — фильм c существенно большим бюджетом, чем первые два фильма «долларовой» трилогии. Только Иствуд за участие в съёмках получил 250 тысяч долларов (не считая процента от сборов) — сделка, на которую Леоне пошёл крайне неохотно. Съёмки велись в пустыне Табернас (Испания).

Режиссёр вспоминает, что ставил перед собой задачу показать абсолютную абсурдность войны и принципиальное отсутствие в ней «благих побуждений».[2] В одном из интервью он признался, что все три главных героя воплощают разные стороны его личности.[2] Роль Туко первоначально предполагалось отдать Джану Марии Волонте, однако Леоне счёл природный комизм Уоллаха более подходящим для этой роли. Они много импровизировали на съёмочной площадке[3] и стали друзьями.

В «Хорошем, плохом, злом» художественные приёмы раннего Леоне — как, например, крупные планы лиц героев и продолжительные ретардации — достигли нового уровня. Характерно то, что за первые десять минут фильма не произносится ни одного слова. С целью сокращения хронометража ряд снятых сцен были исключены из окончательной версии; их можно увидеть на DVD 2004 года.

Отдельные художественные приёмы и эпизоды фильма переосмыслены в советских истернах — «Неуловимые мстители» (эпизод с каретой и выпавшим из неё трупом), «Свой среди чужих, чужой среди своих» («Ты меня не убьешь. Ты меня беречь будешь — нашего человека в ЧК знаю только я»), «Белое солнце пустыни» (эпизод, где Сухов сидит на окне с пистолетом, направленным на Абдуллу). Совпадения настолько явные, что можно говорить о прямом цитировании и о хорошем знакомстве отдельных советских кинематографистов с творчеством Серджио Леоне.

Фраза из фильма «Игла» — «Люди делятся на два сорта — одни сидят на трубе, а другим нужны деньги. На трубе сидишь ты» — перифраз реплики Блондинчика: на вопрос Туко, почему именно он должен откапывать клад, Блондинчик отвечает: «Люди делятся на два сорта — тех, у кого револьвер заряжен, и тех, кто копает. Ты копаешь».[10]

Эпизод из фильма «Брат-2», когда гангстеры поднимаются к Даше, и Данила, слыша их шаги, снаряжает магазин пистолета и читает стихи — явная вариация на тему сцены в гостинице (Блондинчик слышит звон шпор на лестнице и принимается спешно собирать и заряжать револьвер).