Играть вместе Эрез и Амит начали в 1998 году и первые несколько треков они выпустили под псевдонимами Shidapu & Duvdev. Позже они сформировали дуэт Infected Mushroom и начали работать над своим первым альбомом. Название было выбрано в честь панк-рок группы, существовавшей с 1989 по 1993 года, которой восхищался Амит.

В 1999 году вышел их первый альбом The Gathering. Альбом отличался тёмным ритмичным и атмосферным звуком, благодаря чему быстро стал знаменитым и в целом внёс свой вклад в увеличение популярности пси-транса во всём мире.

В следующем 2000 году дуэт выпустил новый альбом Classical Mushroom, который стал одним из самых знаменитых альбомов группы, а также одним из самых известных альбомов в этом жанре. Трек «Bust a Move» из этого альбома многие называют самым популярным треком группы.

Уникальный стиль исполнения Infected Mushroom развивался и в свет вышла новая пластинка B.P. Empire, которая была достаточно тепло встречена фанатами и критиками. Всё же альбом оказался не слишком популярным среди мейнстримовой аудитории слушателей. Также альбом рассматривается, как выход из-за границ традиционного пси-транса.

Самым спорным альбомом группы многие считают Converting Vegetarians, вышедший в 2003 году. Альбом вышел на двух дисках («Trance Side» и «The Other Side»). «Trance Side» является логическим продолжением их предыдущих работ в танцевальном стиле, а «The Other Side» оказался очень разнообразным и экспериментальным творением, в котором присутствовали такие жанры как брейкбит, даунтемпо и электро-поп. В записи альбома участвовала британская певица Мишель Адамсон.

Выход альбома IM the Supervisor (иногда его ошибочно называют «I’m The Supervisor») в 2004 году стал неожиданностью для слушателей, так как оказался очередным экспериментом в смешивании пси-транса с другими музыкальными стилями. Многие раскритиковали альбом, назвав его слишком коммерческим, но как бы то ни было на тот момент он был самым успешным по продажам альбомом группы.

Гитаристы Эрез Нетз и Том Каннингхэм присоединились к группе в том же году. Том Каннингхэм играл с группой в США, в то время как Эрез Нетз играл на гастролях с группой во всех остальных странах. В декабре того же года группа переехала из города Хайфа, где у них была студия, в новую студию в Лос-Анджелесе.

В 2007 году к группе присоединился бразильский ударник Рогерио Жардим, который был приглашён, чтобы играть на их выступлениях в качестве, как ни странно, ударника. Тогда же Infected Mushroom оказался на 9 строчке в рейтинге DJmag Top 100 DJs Poll.

26 марта 2007 года был выпущен новый альбом группы под названием Vicious Delicious, однако предзаказы можно было оформлять уже 16 марта. Альбом доступен в двух версиях: обычная и Limited Edition отличающиеся упаковкой — Limited Edition поставляется в специальном пластиковом полупрозрачном кожухе с иллюстрацией. Также в коробках проломаны зубчики держащие диск, что символизирует выбитые зубы из клипа «Becoming Insane». Этот альбом также стал экспериментом над разнообразными жанрами. В записи альбома принимали участие приглашённые музыканты.

8 сентября 2009 года на прилавках музыкальных магазинов появилась последняя на данный момент пластинка «Грибов» Legend of the Black Shawarma (Легенда о Черной Шаурме). В записи композиции «Smashing the Opponent» принял участие Джонатан Дэвис из группы Korn.