Джонатан Троппер родился 16 января 1970 года в Нью-Йорке, США.

Закончил Нью-Йоркский университет по специальности "Литература и писательское мастерство".

После учебы, Джонатан работал в разных местах, но самой прибыльной и стабильной стала для него работа в компании Манхэттен, которая занималась изготовлением дисплеев для ювелирных компаний. Писать Тропперу приходилось по ночам и выходным. Благодаря собственному таланту и настойчивости ему удалось выпустить первый роман «План Б». После этого им заинтересовался агент и дела пошли в гору. Джонатан смог уволиться с работы и стать профессиональным писателем.

Второй роман был опубликован в 2004 году под названием «Книга Джо».

Роман «Дальше живите сами» стал бестселлером 2009 года в США и вошел в списки лучших книг по версии The New York Times, The Washington Post, Entertainment Weekly. Этот роман экранизирован, фильм должен выйти в конце 2014 года.

Все книги Джонатана Троппера затрагивают достаточно тонкую, животрепещущую тему из жизни и личного опыта автора: брак, единственный ребенок в семье, жизнь в пригороде, одиночество, семья.

В настоящий момент Джонатан живёт с женой и тремя детьми в New Rochelle, штат Нью-Йорк. Он продолжает заниматься литературной деятельностью и ведёт семинары в университете по писательскому мастерству.

В 2013 году Троппер принял участие в создании телесериала «Баньши» в качестве сценариста и продюсера.